Bestyrelsen består af 9 medlemmer, som udpeges af Uddannelses- og Forskningsministeriet. Følgende institutioner indstiller hver et medlem:
Den til enhver tid siddende Ambassadør i Athen er født medlem.
Bestyrelsen udpeger forpersonen af sin midte. Se Instituttets forretningsorden her.
Forperson
Professor, dr. phil., Aarhus Universitet
Repræsentant for Aarhus Universitet
Næstforperson
Lektor, ph.d., Københavns Universitet
Repræsentant for Københavns Universitet
Professor, ph.d., Syddansk Universitet
Repræsentant for Syddansk Universitet
Lektor, mag. art., Aarhus Universitet
Repræsentant for Uddannelses- og Forskningsministeriet
Repræsentant for Undervisningsministeriet
Museumsinspektør, seniorforsker, ph.d., Nationalmuseet
Repræsentant for Nationalmuseet
Lektor, arkitekt MAA, ph.d., Det Kongelige Akademi
Repræsentant for Akademirådet
Post. doc., ph.d., Princeton Universitet
Repræsentant for Kulturministeriet
Ambassadør, Den Danske Ambassade i Athen
Henning Lehmann 1992-2004
Bodil Due 2004-2020
Per Kristian Madsen 2020-2022
Marianne Pade 2022-